Sucedió cuando estaban dentro de una vieja fabrica abandonada, ahí encontraron una gran computadora “el superordenador” que controla Lyoko. Gigantescos escáners permiten a nuestros amigos de ser transferidos en Lyoko. Ahi conocen a una joven humanoide-virtual, Aelita.
X.A.N.A. es un virus que ha infectado al súper calculador y además amenaza con destruir el mundo virtual, y por si fuera poco de controlar la Tierra! Para lograrlo X.A.N.A. ha creado monstruos para combatir a nuestros héroes en Lyoko y ataca la Tierra tomando posesión de objetos, animales o seres humanos. El mundo real al igual que Lyoko están en peligro!
Pero la aventura no termina ahí, X.A.N.A. se vuelve cada vez más fuerte y crea nuevos monstruos en el mundo de Lyoko. Para vencerlo solo hay una solución: Encontrar el antivirus que desactivará X.A.N.A. gracias al diario de Franz Hopper, el creador de Lyoko.

¿Podrán nuestros héroes acabar con la amenaza de X.A.N.A.? no lo sabemos, pero ellos son valientes y están listos a correr el riesgo!

¿Y los viajes en el tiempo? Al final de cada episodio siempre hay una vuelta al pasado.

Fuente: Código Lyoko